Клиническая лаборатория была основана в 1994 году. Первым заведующим лабораторией был кандидат медицинских наук, доцент Т.С. Абдымомунов, который руководил ею до 2009 года. С 2009 по 2012 год лабораторией руководил кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник С.Т. Жолдошов. В лаборатории защитили докторские диссертации (Муратов А.А., Осумбеков Б.З., Ешиев А.М.). С 2013 года по настоящее время лабораторией руководит доктор медицинских наук, профессор, член-корреспондент НАН КР А.М. Ешиев. В лаборатории защитили докторские диссертации (Жолдошов С.Т., Маметов Р.Р., Ешиев Д.А.), а также кандидатские диссертации (Мурзакулов Д.С., Арынов З.А., Мирзашева Н.М.). В клинической лаборатории успешно защищены 6 докторских работ и более 20 кандидатских диссертаций по различным направлениям медицины.
Направления научной деятельности:
Основное научное направление. Медицинская наука (стоматология и челюстно-лицевая хирургия). Проводится ряд республиканских медико-социальных исследований по ранней диагностике и профилактике различных гнойно-воспалительных заболеваний, врожденных расщелин у детей, а также по восстановлению и лечению травм и дефектов челюстно-лицевой области, а также в области общественного здравоохранения, анатомии, хирургии, урологии, онкологии. В настоящее время в лаборатории работают 6 научных сотрудников, в том числе 1 доктор наук, член-корреспондент Национальной академии наук Кыргызской Республики (Ешиев А.М.), 2 кандидата наук (Мирзакулов Д.С., Паизова З.), 1 научный сотрудник (Касымбаева Н.А.) и 1 лаборант (Адырова А.К.). В настоящее время в лаборатории работают шесть докторантов (Д.С. Мурзакулов, Н.М. Азимбаев, Н.О. Курманбеков, Н.Т. Таалайбеков, Т.К. Абдышев, Р.Э. Абирова), а также соискатели кандидатской диссертации (И. Тагайбеков, Б. Авазбек уулу, А. Жаныбай уулу), разрабатывающие актуальные темы в области медицины, продолжают свою научно-исследовательскую деятельность.
Учеными опубликовано более 300 научных работ, в том числе статьи в международных наукометрических базах Scopus и Web of Science, монографии и методические рекомендации, изобретения и авторские свидетельства, рационализаторские предложения. Шесть изобретений и более 30 рационализаторских предложений внедрены в производство и используются в практической медицине в Кыргызстане и странах СНГ.

Лаборатория функционирует с момента основания Института. В 1994–1997 гг. её возглавлял к.х.н., доцент А.А. Нишанов; в 2000–2023 гг. — к.х.н., доцент З.С. Боронова. С 2024 года руководителем является к.м.н., доцент К.Ш. Сакибаев.
В начале 2025 года в целях оптимизации научной деятельности лаборатория «Фармакологии, токсикологии, радиологии, морфологии и физиологии» была реорганизована в лабораторию «Биомедицинских исследований». В её составе определены три секции: морфология и возрастная антропология (ауксология, антропометрическая стандартизация); биохимия и физиология; междисциплинарные фундаментальные исследования.
Основные направления научной деятельности:
1. Разработка региональных стандартов оценки физического развития человека с учётом половой, возрастной и этнической динамики антропометрических, морфофункциональных и биоимпедансометрических показателей.
2. Исследования в области биохимии, биофизики и физиологии: изучение механизмов комплексного воздействия антиоксидантов, гормонов, нитросоединений, оксида азота, радиации и гипоксии на биохимические процессы в организме.
3. Научно-исследовательские работы в области междисциплинарного устойчивого развития: экологическое образование, переработка растительного и сельскохозяйственного сырья для получения биологически активных веществ (БАВ), разработка методов их выделения и очистки; рациональное использование природных ресурсов; исследования в области изменения климата; внедрение принципов устойчивого развития; интродукция и выращивание лекарственных растений с целью интеграции элементов предпринимательства в образование.
Кадровый состав. В лаборатории работают 6 научных сотрудников, в том числе: доктор наук, член-корреспондент Национальной академии наук Кыргызской Республики - Т.Т. Жумабаева; кандидаты наук - Р.М. Тойчуев, К.Ш. Сакибаев, Ж.Т. Молдалиев; научный сотрудник - Э.Ж. Жунусалиева; старший лаборант - М.Ч. Ашимова.
Научные достижения.
Учёными лаборатории опубликовано более 500 научных работ, включая статьи в международных наукометрических базах Scopus и Web of Science, монографии, методические рекомендации, изобретения и авторские свидетельства. Получено 6 изобретений и более 70 рационализаторских предложений, внедрённых в практику здравоохранения и научные исследования в Кыргызстане и странах СНГ.

Лаборатория «Экосанитарных исследований и микробиологии» при Научно-исследовательском институте медико-биологических проблем Южного отделения Национальной академии наук Кыргызской Республики была основана в 1994 году. Изначально она называлась лабораторией «Микробиологии и иммунологии», в последующем с 2011 года в связи с получением гранта МНТЦ KR-1516 переименована на «Микробиологию, вирусологию, иммунологию и биохимии», и её первым руководителем был доктор медицинских наук, профессор И.Т. Тайчиев. С 2023 года лаборатория была переименована в «Биохимии, биотехнологии и микробиологии», и её возглавила кандидат биологических наук, доцент Б. Абылаева. В начале 2025 года в целях оптимизации научной деятельности лаборатория была реорганизована в лабораторию «Экосанитарных исследований и микробиологии» руководителем лаборатории является кандидат биологических наук А.Т. Аргынбаева.
Направления научной деятельности
1. Первое научное направление: Со дня открытие института задачей лаборатории является изучение действие экологических факторов на микрофлору, вирусов в окружающей и биосреде, включая видоизменчивость штаммов, ферментативной активности биохических свойств, антибиотикорезистентность выделенных микробов из разных зон. Иммунологи- изучают состояние иммунитета населения, проживающего в разных экологических зонах, загрязненных пестицидами, радионуклидами и др. Ксенобиотиками. Определяют содержание иммуноглобулинов ( в грудном молоке, кишечном содержимом, жидкостях и др). , гормонов, биохимических и др.лабораторных показателей. Выделяют эубиотики из местных штаммов из разных зон, включая высокогорье. Вместе с фармакологами и клиницистами разрабатывают технические условия и технический регламент, а также участвуют в разработке способов применения для профилактики и лечения заболеваний и внедрении их в производство и практическую медицину.
2. Второе научное направление: Это направление, соответствующее Стратегии устойчивого развития Кыргызской Республики на 2018-2030 годы, сосредоточено на исследовании фитопатогенов и рациональном использовании природных ресурсов. Актуальной задачей является изучение вредителей-фитопатогенов, негативно влияющих на микроклимат города, и разработка методов борьбы с ними.
Для профилактики и лечения Брюшного тифа были разработаны комплексные подходы. Для лечения Брюшнотифозных носителей применялись “Биоазык” –стимулятор роста эубиотиков, разработанный научными сотрудниками Тойчуевым Р.М. и частным инвестором Тойчуевым Н.Р. Так же применялись пищевые добавки, полученные из лекарственных, в том числе, эндемичных трав (используются испокон веков местным населением для лечения кишечных инфекций и при отравлениях), плодов, которые богаты витаминами, биологическими активными веществами, микроэлементами, пектином, ненасыщенными жирными кислотами, обладающими желче- и мочегонными свойствами, разработанными научными сотрудниками (Тойчуев Р.М).
На сегодняшний день в лаборатории работают 8 научных сотрудников, из них 1 заслуженный врач Кыргызской Республики и микробиолог высшей категории Насиров А.Н. в том числе 2 кандидата наук ( Аргынбаева А.Т, Тойчуева А.У.), 5 научных сотрудников ( Т.И. Сыдыкбаева, Э.К. Торобаева, И.Т. Мырзабаев, К.Б. Кошуева, А.Д. Кадырова.) .
По итогам работы была защищена кандидатская диссертация (научный сотрудник Тойчуева А. на тему «ФОРМИРОВАНИЕ КОЛОНИЗАЦИОННОЙ РЕЗИСТЕНТНОСТИ У НОВОРОЖДЕННЫХ В УСЛОВИЯХ ЮГА КЫРГЫЗСТАНА» 03.02.03. – микробиология.
Ранее были успешно защищены 1 докторская (И.Т. Тайчиев) и 2 кандидатские диссертации (А.Т. Аргынбаева, Б.М. Орунбаева,). В данное время в лаборатории «Экосанитарных исследований и микробиологии» успешно продолжают свои работы 1 докторант (А.Т. Аргынбаева) и 3 соискателя.
Выполнены научные проекты финансирование МНТЦ KR-1516 2011-2014 гг
Проект ВОЗ и TDR в 2016 году часть в рамках проекта, поддержанного в 2024 году фондом Global Greengrants Fund (номер гранта 2024-9929).
Опубликовано более 200 научных статей, в том числе в журналах, включённых в базы данных Elibrary и РИНЦ, в том числе статьи в международных наукометрических базах Scopus и Web of Science, монографии, учебники и методические рекомендации, 2 изобретения и авторские свидетельства, 60 рационализаторские предложения внедрены в производство и используются в практической медицине.

Лаборатория исследований устойчивого развития Баткенской области была открыта в 2024 году в качестве структурного подразделения Научно-исследовательского института медико-биологических проблем Южного отделения Национальной академии наук Кыргызской Республики. Заведующей лабораторией назначена к.б.н., старший научный сотрудник А.А. Саматова, которая в настоящее время и работает.
Направления научной деятельности: Содействие устойчивому развитию Баткенского региона путем сбора, анализа и предоставления научно обоснованных данных, направленных на обеспечение биосоциальной, экологической и биологической устойчивости региона.
1. Изучение биосоциальных факторов, влияющих на психофизиологическое развитие учащихся в регионе, и разработка практических рекомендаций для систем образования и здравоохранения;
2. Создание научных основ для поддержания экологического равновесия посредством непрерывного мониторинга и инвентаризации животного и растительного мира экосистемы Айгуль-Тоо;
Обеспечение государственных и общественных организаций аналитической информацией по вопросам охраны, восстановления и рационального использования местных экосистем на основе научных исследований.
В настоящее время в лаборатории работают 4 кандидата наук, 1 лаборант: кандидаты наук (заведующая лабораторией Саматова А.А., научные сотрудники: Мирали кызы Анара, Момунова Г.А., Кошматова Ж.Ж.), лаборант Бактыярова С. Ж.
Учеными опубликовано более 27 научных работ, в том числе статьи в международной наукометрической базе Scopus, монографии и методические рекомендации, изобретения и авторские свидетельства, которые используются на практике в Баткенском государственном университете (БатМУ) в Кыргызстане. В настоящее время 2 докторанта (Саматова А.А., Миралы кызы А.), 2 кандидата наук, 1 соискатель продолжают научную работу.