Институт медицинских проблем ЮО НАН КР был создан 21 ноября 1994 года приказом №22/11 от 28 ноября 1994 года на основании постановлений Президиума НАН КР от 29 декабря 1993 года №3 «О создании новых институтов» и бюро Южного Регионального отделения НАН КР от 23 сентября 1991 года №5/6 и от 28 ноября №6/1. Директором института был назначен к.м.н., с.н.с., Тойчуев Р.М. Он возглавлял институт со дня его открытия и являлся его руководителем вплоть до 2016 года. В связи с реорганизацией с 1 сентября 2017 года Институт медицинских проблем был присоединен к Институту горной физиологии (г. Бишкек). В результате реорганизации Институт медицинских проблем был преобразован в отдел медицинских проблем, заведующим которого был назначен д.м.н., профессор Тайчиев И. В данной должности Тайчиев И., проработал до 2018 года, вплот до объединения института с институтом Горной физиологии НАН КР, как отделение медицинских проблем. С 12 апреля 2022 г. (приказ) отдел медицинских проблем Института горной физиологии и медицины был реорганизован в научно-исследовательский институт медико-биологических проблем, для ведения организационной работы временно исполняющим обязанности директора на общественных началах назначен д.б.н., профессор, член-коррреспондент НАН КР Жумабаева Т. Т., и она назначена директором института с марта приказом №23-Ө/К 2023 г. НАН КР.
В настоящее время в состав научного института входят 4 лаборатории: